Η παρακολούθηση του δημοσιογράφου Θανάση Κουκάκη έφθασε και στην Κομισιόν μετά τις αποκαλύψεις της ιστοσελίδας του insideStory και του ReportersUnited. Το ερ΄ώτημα κατέθεσαν οι δημοσιογράφοι Γιάννης Παλαιολόγος από την Καθημερινή και Ματίνα Στεβή από τους The New York Times στον εκπρόσωπο της Ευρωπαϊκής Επιτροπής. Ο εκπρόσωπος χαρακτήρισε «απαράδεκτη» την παράνομη πρόσβαση στα προσωπικά δεδομένα πολιτών, δημοσιογράφων και πολιτικών. Επιπλέον ανέφερε πως η Κομισιόν θα ελέγξει την αλλαγή που έγινε στην ελληνική νομοθεσία που αφορά στη γνωστοποίηση πολιτών για τις παραβιάσεις των τηλεφωνικών συνδιαλέξεων. Το ζήτημα τέθηκε και στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, όπου
άρχισε τις εργασίες της η νεοσύστατη επιτροπή για τη διερεύνηση του σκανδάλου των παρακολουθήσεων Ευρωπαίων πολιτών από κυβερνήσεις κρατών-μελών με το κατασκοπευτικό σύστημα Pegasus, από τον Ευρωβουλευτή του ΣΥΡΙΖΑ Στέλιο Κούλογλου.
Στην επιστολή του, αναφέρεται στην πρόσφατη αποκάλυψη για την παρακολούθηση του Έλληνα δημοσιογράφου Θανάση Κουκάκη από την Εθνική Υπηρεσία Πληροφοριών, την περίοδο που ερευνούσε τραπεζικά σκάνδαλα, ζητώντας να επεκταθεί η έρευνα της Επιτροπής σε όλα τα κατασκοπευτικά λογισμικά, τα οποία χρησιμοποιούνται για την παρακολούθηση πολιτών με πρόσχημα την εθνική ασφάλεια.